A patogénese da acne ainda não está completamente compreendida, contudo algumas das certezas sobre os factores envolvidos no desenvolvimento das lesões podem ajudar na planificação das estratégias racionais para o tratamento.

Os níveis de androgénios elevados em ambos os sexos, dão origem a uma produção aumentada de secreções, aparecendo as lesões típicas quando os folículos pilossebáceos, obstruídos por uma mistura de sebo e queratócitos, ficam distendidos e visíveis. Estas lesões não inflamadas da acne são chamadas de comedões. Se o orifício folicular não estiver visivelmente distendido, os comedões aparecem como "pontos brancos", melhor visualizados quando se arranha a pele. A distensão visível do orifício leva a formação de um "ponto negro", surgindo a cor negra como resultado da oxidação do sebo dentro dos comedões.

Os folículos, quando se inflamam, levam ao aparecimento de pápulas e pústulas. A resposta inflamatória é devida à presença de bactérias como a Propionibacterium acnes dentro dos folículos obstruídos. Geralmente, estes microrganismos são comensais inofensivos da pele, podendo, contudo, provocar uma resposta de hipersensibilidade do tipo tardio dentro do folículo. Nos casos mais graves, isto pode levar a produção de lesões nodulares e à formação de sinus. Qualquer tipo de lesão inflamatória pode levar a formação de cicatrizes e a maioria dos doentes com acne apresentam este tipo de lesões. A extensão das cicatrizes é influenciada pela idade e sexo do doente assim como pela localização, tempo de evolução e gravidade.

Com base nestes conhecimentos, compreende-se que a terapêutica passa pela prevenção da formação de comedões, pela redução da produção de sebo e limitação da resposta inflamatória ao P. acnes.

Existem algumas evidências de que a combinação do peróxido de benzoílo com a clindamicina tópica ou a eritromicina é mais eficaz do que o uso de um agente antibacteriano isolado.